本校位居台南科學園區與高雄生物技術園區之中間位置，近四十年來已為社會培育了眾多優秀人才，分佈於製藥產業界中。本校自民國八十五年升等為技術學院後，便積極思考針對學生就業需要與未來製藥產業需求，提供多元化及精緻化的優良師資及特色課程，並整合全校資源以培育產業界及研發體系所需的技職人才。而在成為科技大學後，更鼓勵在藥物科技研究方面發展，因此本校相關科系除藥學系外，尚包括生物科技系(所)、醫藥化學系、化妝品系(所)及食品科技系等，在此領域擁有許多位富於經驗、具有研發能力的老師從事藥物科技開發等領域之研究。因此，本校藥物科技研究所之成立，不只可提供製藥界產業升級之高素質人力，更可為現有非藥學系之製藥界人才提供適當之進修管道。

　　有鑑於上述背景因素，本校結合各項和藥物科技相關科系發展之經驗，人力及師資於94學年度在教育部核准下成立嘉南藥理科技大學藥物科技研究所。

　　綜觀近年來國際間藥物科技之發展趨勢來看，除了新分子之先導藥物的找尋外，藥物製劑之研發及改良亦為製藥界發展之重要項目之一。此外，藥事照護及管理等社會藥學領域也在近年來為藥學界所重視，由此，本所研究及教學之重點即聚焦在上述各項發展方向上。